服務介紹

Nanopore cDNA-PCR測序是指基于牛津納米孔公司（Oxford Nanopore Technologies，ONT）三代測序平臺進行全長轉錄組測序，無需打斷，可直接讀取從5’端到3’端polyA尾的高質量單個RNA分子全長序列，準確辨別二代測序無法準確識別的可變剪接（AS）、融合基因、lncRNA及其靶基因，且可同時對基因和轉錄本進行定量分析。ONT全長轉錄組已廣泛應用于生長發育、環境適應、免疫互作、突變表型、腫瘤的發生、臨床診斷和藥物研發等領域。

Nanopore cDNA-PCR測序流程圖

測序方案

測序模式：Nanopore Sequencing

測序數據量：4Gb/樣，or 6Gb/樣

技術優勢

1. Nanopre全長轉錄組測序無需打斷RNA，可獲得5’到3’全長轉錄本序列及其表達信息，對片段大小無偏好，直接檢測電信號無需邊合成邊測序其GC偏好性遠低于二代平臺；

2. 由于無需拼接其在轉錄本層面的結構變異檢測方面，比如可變剪接、融合基因、APA、新基因預測等具有絕對優勢；

3. 除了可準確鑒別轉錄本結構變異，還可實現轉錄本（mRNA或polyA+ lncRNA）表達水平準確定量。

Nanopore long-read RNAseq reveals widespread transcriptional variation among the surface receptors of individual B cells

發表雜志：Nature Communications

影響因子：12.121

短reads RNAseq解析復雜isoform的能力有限，因為它無法測序RNA分子的全長cDNA拷貝。作者研究了使用長讀取單分子Oxford Nanopore測序儀的RNAseq是否能夠在不犧牲準確的基因表達定量的情況下，鑒定和定量復雜的isoform。在小鼠B1a細胞中鑒定了數千個未注釋的轉錄起始和終止位點，以及數百個可變剪接事件，鑒定了在B1a細胞中表達的數百種基因，這些基因顯示出多種復雜的isoform，包括幾種B細胞特異性表面受體。本研究表明，可以在單細胞水平上識別和定量復雜的isoform。

圖1 ONT RNAseq數據分析確定小鼠B1a細胞的異構體特征

圖2 揭示B細胞表面受體的異構體多樣性

生信分析

ONT原始數據質控

比對結果質控檢查

轉錄本定量

差異轉錄本鑒定

轉錄因子預測

功能注釋

富集分析

蛋白質互作網絡

可變剪接分析

融合轉錄本

新轉錄本發現

基因結構優化

Table. Nanopore cDNA-PCR Sequencing樣本送樣建議