服務(wù)介紹

核糖體是大部分細(xì)胞中體積最大的大分子之一，密度較高，基于這些特點，Polysome-seq利用蔗糖梯度超速離心法可分離游離、結(jié)合40S核糖體小亞基、結(jié)合60S核糖體大亞基或結(jié)合單/多個核糖體的mRNA分子。將上述感興趣的各個組分的溶液進(jìn)行濃縮、提取RNA，然后通過高通量測序分析，能有效地分析翻譯組，如翻譯效率、非編碼RNA的翻譯或與翻譯調(diào)控高度相關(guān)的非翻譯區(qū)（UTRs），有利于研究從RNA到蛋白之間的翻譯水平調(diào)控機制。

Polysome profiling實驗流程概要（source：Su D, et al., 2024）

技術(shù)應(yīng)用

①準(zhǔn)確檢測蛋白翻譯效率；

②分析目標(biāo)RNA降解、翻譯起始和抑制等機制，研究翻譯調(diào)控與基因表達(dá)；

③挖掘潛在翻譯的非常規(guī)RNA，如lncRNA、circRNA的翻譯。

技術(shù)優(yōu)勢

①直觀反映翻譯狀態(tài)：Polysome profiling技術(shù)能夠直觀地反映細(xì)胞和組織內(nèi)的翻譯狀態(tài)，通過分析不同組分中mRNA的分布，可以了解特定mRNA的翻譯活躍程度；

②有助于理解翻譯動態(tài)變化：Polysome profiling能夠檢測翻譯中發(fā)生巨大變化的RNA，結(jié)合測序技術(shù)，有助于理解在不同生理或病理狀態(tài)下翻譯動態(tài)的變化。

測序方案

測序平臺：Illumina HiSeq X10

測序模式：PE150

測序數(shù)據(jù)量：10G

吉賽翻譯組技術(shù)服務(wù)內(nèi)容

 Polysome Profiling圖譜示例

特點	Polysome profiling/ Polysome-seq	Ribo-seq	RNC-seq	Disome-seq
mRNA長度	全長	核糖體保護(hù)片段區(qū)域	全長	雙核糖體保護(hù)片段區(qū)域
翻譯中RNA回收難度	難	難	易	難
起始量	多	多	少	多
測序方法	Microarray/NGS	NGS	Microarray/NGS	NGS
測序長度	任意	22-35 nt	任意	約54-68 nt
檢測序列變異	√	×	√	×
UTR	√	×	√	×
檢測核糖體位置、密度、ORF、uORF	×	√	×	√
每條mRNA上核糖體數(shù)目	√	×	×	×
技術(shù)難點	離心，梯度液分離，RNA 回收	酶切條件	RNC-mRNA 易斷裂	酶切條件
生理條件	√	√	√	√
吉賽服務(wù)項目	圖譜（5或18組分）	Ribo-seq測序分析	RNC-seq測序分析	無圖譜-Disome-seq測序分析
	圖譜+RNA（5或18組分）
	圖譜+qPCR（5或18組分）
	圖譜+WB（5或18組分）			圖譜+Disome-seq測序分析
	圖譜+測序（組分⑤單文庫）
	圖譜+測序（雙文庫-Light+Heavy組分）
	圖譜+測序（雙文庫-Free+Binding組分）

 

翻譯組重構(gòu)控制飲食及其對腫瘤發(fā)生的影響

標(biāo)題：Remodelling of the translatome controls diet and its impact on tumorigenesis

發(fā)表期刊：Nature

發(fā)表時間：2024年8月14日

利用高通量測序技術(shù)（PolyRibo-seq），分析小鼠模型肝臟在禁食狀態(tài)下的翻譯組變化。使用肝臟組織樣本進(jìn)行多聚核糖體超速離心分級分離，得到含有不同數(shù)量核糖體的mRNA。將分離出的mRNA進(jìn)行純化，并用于建文庫測序。研究顯示在禁食期間，全局翻譯下降，肝臟細(xì)胞選擇性地重構(gòu)翻譯組。

c. 蔗糖梯度分離喂食和禁食24 h的WT肝裂解物的代表性多聚核糖體圖譜。無翻譯或低翻譯部分(2-7)和多聚核糖體部分(8-13)用于PolyRibo-seq；

d. 空腹時轉(zhuǎn)錄本翻譯效率(TE)的log2倍變化(FC)火山圖。紅點表示翻譯水平顯著上調(diào)的基因；

e. 以Wiki通路為基礎(chǔ)，富集了翻譯顯著上調(diào)的基因；

f：在喂食和禁食的WT肝臟蔗糖梯度部分，指示mRNA分布的百分比。

基礎(chǔ)分析

原始數(shù)據(jù)質(zhì)控評估

比對結(jié)果質(zhì)控評估

基于基因表達(dá)的樣品主成分分析

差異基因表達(dá)及相關(guān)通路富集分析

circRNA預(yù)測及鑒定

circRNA差異分析

差異circRNA宿主基因的通路富集分析

差異circRNA的靶向miRNA預(yù)測分析

長鏈非編碼RNA差異分析

高級分析

差異長鏈非編碼RNA的調(diào)控基因的通路富集分析

circRNA及靶向miRNA網(wǎng)絡(luò)調(diào)控

部分結(jié)果展示

polysome profiling 實驗圖譜

顯著性差異表達(dá)基因熱圖

比較差異表達(dá)基因火山圖

GO 功能分析

KEGG 富集分析

Polysome-seq原始樣本送樣建議

*翻譯組測序的細(xì)胞樣本處理方法和轉(zhuǎn)錄組測序不一樣，具體處理、保存和運輸方法請咨詢技術(shù)支持。

物種范圍：人、小鼠、大鼠等，其他物種請詳詢銷售或技術(shù)支持