服務(wù)介紹

廣義的翻譯組指直接參與翻譯過程的所有元件，包括但不限于核糖體、正在翻譯的mRNA、調(diào)控性RNA、新生肽鏈及各種翻譯因子等；狹義的翻譯組特指正在翻譯的mRNA。Ribo-seq是指對被核糖體保護的30nt左右的mRNA片段進行深度測序分析，是目前研究翻譯組學的主要技術(shù)手段之一。

核糖體印跡測序技術(shù)路線

測序方案

測序平臺：Illumina Novaseq X Plus

測序模式：SE150
測序數(shù)據(jù)量：30 M raw reads

技術(shù)優(yōu)勢

1、有效捕獲正在翻譯的RNA分子，識別新的翻譯事件；

2、與轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)結(jié)合可分析翻譯效率；

3、較低的假陽性率，鑒定結(jié)果更具可信度與說服力。

吉賽翻譯組技術(shù)服務(wù)內(nèi)容

                                                                   Polysome Profiling圖譜示例

人類心臟翻譯組學研究

The Translational Landscape of the Human Heart

Cell (2019). DOI: 10.1016/j.cell.2019.05.010（IF：36.216）

測序策略：Ribo-seq & mRNA-seq

樣本分組：80例心臟組織，65例心肌病，15例正常對照

本研究對65例擴張性心肌病（DCM）患者左心室心肌組織和15例正常對照者的左心室心肌組織進行mRNA測序（mRNA-seq）及核糖體印跡測序（ribo-seq），分析了DCM與健康對照組被翻譯的RNA分子總體情況，結(jié)合之前一項心臟組織蛋白質(zhì)組學的數(shù)據(jù)，系統(tǒng)分析了左心室心肌組織中被翻譯的ORF和對應(yīng)的蛋白或多肽的總體信息。共發(fā)現(xiàn)1090個uORF、 20763個傳統(tǒng)的ORF以及74個dORF。還包括了來自于169個lncRNA 的339個sORF（圖1）。此外，本文通過分析ribo-seq數(shù)據(jù)中被核糖體捕獲的circRNA接口序列找到了40個可翻譯的circRNA分子。作者分析接口位置Reads的條件是不少于9nt的跨接口堿基，在不少于3個樣本且總Reads數(shù)不少于5個的才算有效的可翻譯circRNA（圖2）。這40個circRNA來自39個基因，其中有6個circRNA的翻譯產(chǎn)物在早期的蛋白質(zhì)組學研究中有對應(yīng)的質(zhì)譜線索。40個circRNA中也不乏大家耳熟能詳?shù)拿餍欠肿樱–DR1as等等。其中circCFLAR，circSLC8A1，circMYBPC3和circRYR2是首次發(fā)現(xiàn)的心肌中可被翻譯的circRNA分子。

Figure1. 心臟翻譯組學研究概覽

Figure2. Ribo profiling分析可翻譯的circRNA分子

生物信息分析

基礎(chǔ)分析

原始數(shù)據(jù)質(zhì)控檢查

比對結(jié)果質(zhì)控

reads 在基因組上的分布分析

基因覆蓋度分析

翻譯圖譜刻畫：P-site定義確認

翻譯圖譜刻畫：ORFs統(tǒng)計與對應(yīng)的氨基酸序列分析

高級分析

翻譯組差異基因表達分析

翻譯組差異基因GO功能分析

翻譯組差異基因KEGG通路分析

翻譯組差異基因Rectome通路分析

circRNA翻譯事件識別分析

翻譯組差異circRNA宿主基因GO功能分析

翻譯組差異circRNA宿主基因KEGG通路分析

翻譯組差異circRNA宿主基因Rectome通路分析

翻譯組差異circRNA的靶向miRNA預測分析

翻譯組差異circRNA及靶向miRNA網(wǎng)絡(luò)調(diào)控制圖

差異circRNA翻譯潛能預測分析

個性化分析

TE翻譯效率分析

差異TE基因表達分析

差異TE基因聚類分析

差異TE基因GO/KEGG富集分析

部分結(jié)果示例

圖1. P-site 評估樣圖

圖2. ORF類型數(shù)量統(tǒng)計圖

圖3. Riboseq差異表達基因的火山圖

Table1. Ribo-seq原始樣本送樣建議

*翻譯組測序的細胞樣本處理方法和轉(zhuǎn)錄組測序不一樣，具體處理、保存和運輸方法請咨詢技術(shù)支持。

物種范圍：人、小鼠、大鼠，其他物種請詳詢銷售或技術(shù)支持