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基 因 編 輯
難治疾病的根源性精準療法
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基因編輯技術可以對DNA與RNA層面的遺傳信息實現精準、高效、定向調控,在疾病治療、遺傳育種、科學研究等領域中展現出巨大的潛力。
在疾病治療應用中,DNA編輯能夠從源頭上永久性修正致病突變,而RNA編輯憑借其可逆、瞬時的調控特性,在需動態干預的疾病中展現出獨特的治療潛力。DNA和RNA編輯策略,覆蓋了從遺傳缺陷糾正至表型調控的廣譜疾病類型,通過時空特異性干預實現了治療窗口的精準擴展。
DNA編輯技術已建立起較為完整和成熟的研發管線。全球首款獲批上市的基因編輯療法Casgevy(exagamglogene autotemcel),由Vertex Pharmaceuticals與CRISPR Therapeutics共同開發,2023年相繼在英國與美國獲批。該療法通過對患者自體造血干細胞進行基因編輯,提升胎兒血紅蛋白表達水平,用于治療輸血依賴型β地中海貧血和鐮狀細胞病。

DNA編輯技術及其核心機制[1]
而RNA編輯作為新興方向,目前多數項目仍處于臨床前或早期臨床階段。代表性的管線有Wave Life Sciences開發的WVE-006,作為首個進入臨床階段的RNA編輯療法,旨在治療α1-抗胰蛋白酶缺乏癥(AATD)。WVE-006是一種經化學修飾的短鏈寡核苷酸(AIMer),可引導細胞內源性ADAR對目標mRNA中的特定錯義突變進行精準的A-to-I編輯,從而恢復功能性蛋白的表達。目前已公布的臨床數據顯示了該療法良好的安全性與初步有效性證據。

RNA編輯技術及其核心機制[1]
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R N A
基因編輯療法的優越平臺
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基因編輯技術邁向臨床的核心挑戰之一是開發高效的遞送形式,以確保編輯系統的穩定性和安全性。目前,基因編輯系統主要通過以下形式遞送:
① 質粒DNA載體:利用病毒載體將表達基因編輯工具酶和引導RNA的質粒遞送至細胞核。
優勢:表達相對持續長效,編輯能力較強。
劣勢:存在基因組整合與持續性表達風險,可能導致更嚴重的脫靶效應;病毒包裝流程復雜,大尺寸蛋白(如Cas9)包裝困難;病毒載體可能具有免疫原性。
② RNA/蛋白復合物(RNP):通過電穿孔、微流控等物理方式遞送基因編輯工具酶和引導RNA復合物。
優勢:作用迅速、劑量可控,無基因組整合風險。
劣勢:復合物穩定性差,易降解;蛋白純化工藝復雜、成本高,存在內毒素污染風險;物理遞送方式多限于體外應用,且可能引起細胞膜損傷與毒性反應。
③ RNA復合物:利用納米脂質顆粒(LNP)等非病毒載體遞送表達基因編輯工具酶的mRNA和引導RNA。
優勢:mRNA研發和生產快捷;無需進入細胞核即可表達,起效快;瞬時表達避免基因組整合,安全性較高。
劣勢:線性mRNA不穩定,很容易降解。
mRNA-LNP形式在療效、研發、生產及商業化中均體現卓越的優勢,更驅動了體內基因編輯療法的發展,拓寬了基因編輯在疾病治療中的應用范圍,成為當前基因編輯療法開發的前沿平臺。
全球已有多個基于mRNA的體內編輯療法進入臨床試驗階段。
例如,Intellia Treeutics與Regeneron聯合開發的體內CRISPR基因編輯療法NTLA-2001,通過LNP將gRNA和Cas9 mRNA遞送到遺傳性轉甲狀腺素淀粉樣變性(ATTR)病人體內,全部敲除ATTRv和ATTRwt基因,實現一次性“治愈”,而不是終身服藥。NTLA-2001正開展臨床Ⅲ期研究,是目前進展最快的基于mRNA的體內基因編輯療法。
今年5月,費城兒童醫院與賓夕法尼亞大學醫學院團隊報告了一項突破性研究:全球首次通過基于mRNA的個性化體內CRISPR基因編輯療法,成功治愈一名嚴重的氨甲酰磷酸合成酶-1(CPS1)缺乏癥的嬰兒。該療法針對患者CPS1基因中的Q335X突變,設計特異性腺嘌呤堿基編輯器(ABE),并利用LNP將編碼該編輯器的mRNA導入患者肝細胞進行基因編輯治療。該研究從診斷到完成治療全程僅歷時六個月,標志著個性化mRNA CRISPR技術實現臨床轉化的重大里程碑。[2]
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環 狀 R N A
基因編輯療法的升級平臺
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線性mRNA在基因編輯應用中面臨穩定性差、潛在免疫原性和作用時間短等限制,可能會導致編輯效率低、編輯范圍小、脫靶效應高等問題。
環狀RNA(circRNA)作為新一代RNA療法的熱門分子,因其獨特的共價閉環結構,為上述挑戰提供了新一代解決方案,其核心優勢包括:
① 功能多樣:一種技術平臺實現基因編輯系統的兩種主要組分的研發和生產升級。circRNA兼具編碼與非編碼功能,既可替代線性mRNA表達基因編輯器,亦可設計作為引導RNA。
② 性能優越:優化線性mRNA形式容易降解的問題。circRNA閉環結構顯著提升RNA穩定性,作為編碼RNA,可以延長編輯工具酶的表達窗口與有效編輯時間,從而提高編輯能力;作為非編碼RNA,延長引導RNA的半衰期,并提供特定的拓撲結構,有助于提升編輯效率與精確度。
③ 安全性高:規避線性mRNA的免疫原性問題。circRNA缺乏病原體識別受體識別序列,不易被天然免疫受體識別,免疫原性極低,有利于提高基因編輯療法的安全性;
④ 工藝簡化:免除線性mRNA的復雜原料和繁瑣工藝。circRNA無需加帽、加尾及核苷修飾等步驟,工藝簡化有望降低生產成本,提高體內基因治療的可及性。
環狀RNA在基因編輯應用中的優勢,已獲多項研究實證支持。其作為引導RNA與編輯器載體的雙重功能,協同提升了編輯系統的效率、穩定性、精準性與安全性,展現出作為新一代基因編輯療法創新平臺的卓越性能。

circRNA編碼Cas9介導基因編輯[3]

circRNA作為引導RNA介導基因編輯[4]
環狀mRNA
穩定長效可控表達編輯器
昌平實驗室/北京大學魏文勝團隊通過體外合成工程化環狀RNA,編碼優化的線粒體堿基編輯器mitoBE v2,并將其顯微注射至小鼠胚胎中,實現了效率達82%的高精度線粒體DNA編輯。編碼mitoBE v2的環狀RNA介導的編輯效率顯著高于傳統線性mRNA形式。該研究為線粒體疾病模型的構建、機制解析及治療策略開發提供了高效、精準的技術路徑。

mitoBE v2編輯的小鼠出生2個月后不同組織的編輯效率[5]
美國加州大學Prashant Mali團隊利用細胞內環化生成的環狀RNA,在HeLa細胞中表達了融合3A3L DNA甲基轉移酶與ZF-KRAB蛋白的表觀調控模塊3A3L-ZF-KRAB,12天內實現了對PCSK9基因(心血管疾病風險相關)的高效沉默。另外,研究團隊還設計了編碼dSpCas9 CRISPRoff系統的環狀RNA,與sgRNA共轉染至HEK293T細胞,成功實現對B2M基因的特異性轉錄抑制。

circRNA介導的3A3L-ZF-KRAB與dSpCas9 CRISPRoff系統在細胞中的編輯效率[6]
環狀引導RNA
介導精準高效安全的編輯
介導DNA編輯
中國科學院遺傳與發育生物學研究所高彩霞團隊開發了基于Cas12a的環狀先導編輯器系統(CPE)。該系統將線性pegRNA中的引物結合位點(PBS)與逆轉錄模板(RTT)環化,顯著提升了RTT-PBS的穩定性,進而提高了Cas12a系統的先導編輯效率。研究進一步將多個RTT-PBS單元整合至單一環狀RNA中,實現了多達四個基因的同時編輯。該體系在生物醫學研究、疾病治療及作物育種等領域展現出重要的應用潛力。

CPE編輯器示意圖[7]
在此基礎上,高彩霞團隊還利用靶向鏈切口酶nCas9-D10A、逆轉錄酶開發了環狀RNA引導的反向引導編輯器(ciPE)系統,協同使用解旋酶Rep-X,將編輯效率提高到2.7%-55.4%,拓寬了可編輯基因的范圍,同時展現了較高的編輯效率和安全性。

REP-X輔助的ciPE系統[8]
南方醫科大學榮知立、林瑛團隊基于Cas12f,設計了環狀gRNA(cgRNA),顯著提升了基因編輯系統的性能。研究表明,cgRNA將基因激活效率提高約1.9-19.2倍;與相分離系統聯用時,激活效率進一步提高2.3-3.9倍。此外,cgRNA還使腺嘌呤堿基編輯的編輯窗口縮小了1.2-2.5倍。在小鼠模型中,通過水動力尾靜脈注射(HTVI)遞送cgRNA質粒,在小鼠肝臟中介導基因激活效率比常規gRNA高3.3-19.3倍,充分展現了cgRNA在基因編輯治療領域的應用潛力。

cgRNA介導Cas12f在HEK293T細胞中的對不同靶點的A-G堿基編輯效率[9]
介導RNA編輯
北京大學生命科學學院魏文勝團隊開發了基于內源性ADAR的RNA編輯系統(LEAPER),在此基礎上,進一步開發了升級版LEAPER 2.0:通過設計環狀arRNA(circ-arRNA),顯著提升編輯性能。在體外細胞實驗中,circ-arRNA介導的LEAPER 2.0編輯效率顯著提高,達線性arRNA的3.1倍,且編輯效果可維持長達21天。在Hurler綜合征小鼠模型中,AAV遞送的circ-arRNA,成功糾正致病點突變,恢復α-L-艾杜糖苷酶催化活性,并有效降低肝臟中糖胺聚糖的異常積累。
魏文勝教授作為科學創始人成立的博雅輯因基于LEAPER系統,建立了體內RNA堿基編輯療法的多條管線,正針對α-L-抗胰蛋白酶相關肝病(AATD)、Usher綜合征Ⅱ型、杜氏肌肉營養不良(DMD)等疾病開發創新療法,目前分別處于臨床前研究及IND準備階段。

LEAPER系統的示意圖[10];circ-arRNA在小鼠干細胞中靶向IDUA的編輯效率及IDUA的催化活性[11]
美國加州大學Prashant Mali團隊同期發表的研究,通過設計可招募ADAR的環狀引導RNA(cadRNA),顯著提升了RNA編輯的效率與持久性,并有效降低了旁觀者編輯效應。經AAV體內遞送的cadRNA,對小鼠肝臟中mPCSK9轉錄本實現了高達53%的靶向編輯;在粘多糖貯積癥I型Hurler綜合征的IDUA-W392X小鼠模型中,成功對UAG無義突變完成12%的UAG-to-UGG校正。研究證明了cadRNA性能優于傳統線性引導RNA,在蛋白質功能調控及基因治療領域具有廣泛的應用潛力。

不同設計的adRNA介導RAB7A mRNA的編輯效率[12]
鄭州大學張開翔、梁燕團隊開發了一種可招募內源性ADAR的環狀arRNA(Circ-arRNA)。相比線性arRNA,Circ-arRNA在細胞內展現出顯著更優越的穩定性與編輯效率,且未在旁觀者堿基位置檢測到脫靶編輯。在三陰性乳腺癌TP53-W53X 4T1細胞及荷瘤小鼠模型中,LNP遞送的Circ-arRNA,分別實現73.32%與48.48%的突變校正效率,并成功恢復了全長P53蛋白的表達與轉錄活性,顯著增強荷瘤小鼠對紫杉醇化療的敏感性,顯示出Circ-arRNA在無義突變糾正及相關疾病治療中的良好應用前景。

Circ-arRNA介導RNA編輯示意圖[14]
德國美因茨分子生物研究所Edward A. Lemke團隊使用RNA引導的假尿嘧啶合成酶(DKC1)構建了一個RNA修飾細胞器,實現mRNA選擇性Ψ修飾。相比線性gRNA,環狀gRNA顯著增強了mRNA假尿嘧啶修飾水平,并通過Ψ修飾靶向抑制終止密碼子,為從遺傳性果糖不耐受等過早終止密碼子遺傳病提供了新的可能性。

環狀和線性gRNA分別介導DKC1在HEK293T細胞中的修飾水平[13]
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結語
充滿機遇與挑戰的未來
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環狀RNA因其高穩定性、低免疫原性低等優勢,為基因編輯工具提供了更穩定的導航、更持久的動力和更安全的保障,直擊當前精準基因編輯在遞送領域的核心痛點,在風靡全球的基因編輯領域,成為一顆耀眼的新星。
然而,環狀RNA在基因編輯中的實際應用仍面臨一些關鍵挑戰。
規模制備瓶頸
編輯工具酶分子量較大(尤其是最常用的Cas9),編碼的circRNA序列特別長,而引導RNA序列則通常特別短。這類超長和超短序列circRNA合成難度較大,容易導致環化效率降低、副產物增加等問題,亟需開發高效、穩定的規模化制備工藝。
核心合成工藝突破底層技術
吉賽生物憑借兩大核心環化專利與深厚合成經驗,突破了circRNA體外合成序列長度限制,實現了超長、超短序列的高效精準合成,覆蓋從編碼編輯器到引導RNA的全范圍應用,進一步拓寬circRNA在基因編輯中的應用邊界。

核心酶原料實現降本增效
吉賽生物依托自主研發和生產體系,提供一系列circRNA體外合成的高性能核心工具酶,有助于提升circRNA合成效率,進一步降低基因編輯藥物的生產成本,為藥物開發與產業化提供穩定原料支撐。

體內驗證數據有限
環狀RNA在基因編輯的應用仍處于早期階段,其體內遞送和給藥策略仍需進一步優化,在體內的編輯性能和安全性仍需更系統的評估。
吉賽生物解決方案
circRNA基因編輯藥物開發CRDMO服務
吉賽生物已構建覆蓋circRNA藥物全鏈條的技術平臺與服務體系——從靶點發現到規模生產,涵蓋序列設計、成藥性評價、工藝開發、質量研究至GMP生產,形成完整閉環,為circRNA基因編輯療法開發提供全程護航。

隨著技術進步和平臺的成熟,這些挑戰正逐步被克服。環狀RNA與基因編輯強強聯合,不僅是一項技術的革新,更是一個治療新時代的曙光。在這個閉環世界里,蘊含著治愈疾病的無限可能!
參考文獻